日活特撮陣が技術の粋を集め、自信をもって放つ特撮怪獣映画第1弾！大巨獣ガッパ親子の愛情と日本各地での暴れぶりを描く痛快娯楽巨篇。

雑誌記者の黒崎浩、カメラマンの小柳糸子、そして生物学の助教授・殿岡ら探検隊一行は、雑誌の発刊5周年に向けた夢の実現のため、船津社長の命を受けて珊瑚礁に囲まれた南海の孤島オベリスク島に上陸した。原住民たちは、日本人の到来によりガッパの怒りが鎮まると、歓声をあげて踊り出した。翌日、一行は片言の日本語を話すサキ少年の案内で、密林へ入った。巨大な石像が立つ絶壁の山肌に近づいた次の瞬間、激しい地響きとともに巨大像がくずれ落ち、洞窟ができた。その奥には美しい湖があり、岩棚には巨大な白い卵が転がっていた。巨卵が割れると、中から身長2メートル半、シャモに似た大きな頭でワニのような鱗のある太い胴体と四つ足、そして前足から尾にかけて長い羽根をもった爬虫類の幼虫のような怪獣－ガッパの子どもが出てきた。黒崎は珍しい獲物に大喜びし、ガッパの怒りを恐れる原住民の制止も聞かず、日本へ持ち帰ってしまった。一行がオベリスク島を離れて間もなく、身長70メートルの大巨獣、親ガッパが子ガッパを連れ去られた怒りで部落を踏みつぶし、島は一変してしまった。そのころ日本では子ガッパの脳波テストが行われ、遠い仲間に現在地を伝える能力をもっているという診断結果に、黒崎は不吉な予感を抱いた。その予感は的中し、オベリスク島を壊滅させた巨大な親ガッパ2匹は凄まじいスピートで海を走り、空を飛び、子ガッパのいる日本へ一路ばく進。ついに日本に姿を現すと、まずは熱海で大暴れを始めた…。